Détails de la réservation
- Le : 1 July 2022
- De : 13 h 00
- à : 17 h 00
- Salle : Salle de conférence
Détails de l'évènement
Quentin Jehanne
"La génomique appliquée à l'étude des infections par les bactéries des genres
Campylobacter et Helicobacter."
Résumé :
Les infections bactériennes intestinales et gastriques par les bactéries du genre Campylobacter et Helicobacter sont très fréquentes: l’une pouvant provoquer des gastro-entérites sévères des suites d’une contamination alimentaire (principalement la viande) et l’autre étant liée au développement d’ulcères ou bien cancers gastriques. C’est plus de 200 000 cas de campylobacterioses recensés dans l’Union Européenne chaque année, avec comme principale espèce Campylobacter jejuni mais il a également été montré qu’un individu sur deux est porteur du pathogène Helicobacter pylori dans le cas d’infections gastriques. De très nombreuses souches provenant de cas cliniques sont donc reçues quotidiennement dans les laboratoires nationaux de référence où y sont menés des analyses telles l’identification de l’espèce et de la résistance aux antibiotiques. Plusieurs méthodes sont mises en place pour étudier ces pathogènes: cultures bactériennes, antibiogrammes, spectromètre de masse (MALDI-TOF) et extraction d’ADN pour des PCR en temps réel. Malgré la rapidité et le moindre coût de ces méthodes, les utiliser en routine présente des désavantages notamment des identifications d’espèces non significatives avec le MALDI-TOF ou la difficulté de déterminer les mécanismes moléculaires de résistance. Aujourd’hui, le séquençage haut débit couplé à la bio-informatique permettent de générer des données cruciales pour résoudre ces nombreuses problématiques rencontrées en laboratoire. C’est en vue de moderniser les analyses de cas cliniques français effectuées au Centre National de Référence des Campylobacters et Helicobacter (CNRCH) que différents outils et scripts bio-informatiques ont été mis en place mais aussi développés durant ce doctorat. Le principal objectif étant d’enrichir nos connaissances sur ces infections bactériennes: de mettre en évidence des variations dans les séquences d’ADN (gène et mutations) mais aussi protéiques impliquées dans diverses problématiques. Ainsi, il a pu être identifié durant ces trois années: des SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) dans le génome de Campylobacter coli spécifiques à trois différentes sources de contamination (la volaille, les bovins et les porcs), des nouveaux gènes de résistance aux antibiotiques qui émergent sur le territoire métropolitain mais aussi des nouvelles espèces du genre Helicobacter ou Campylobacter. Ces résultats sont d’or et déjà utilisés en routine au sein du CNRCH. Toutes ces découvertes ont pu être possibles via l’utilisation de l’environnement Linux (programmation Bash et Python) permettant d’analyser des milliers de séquences d’ADN provenant d’une variété de souches séquencées au cours des différents projets. Cette «exploration génomique» fût ici la clé pour répondre aux différentes problématiques cliniques.
Responsable
- Nom : Jehanne Quentin