Détails de la réservation
- Le : 29 May 2017
- De : 8 h 00
- à : 20 h 00
- Salle : Salle de Formation
Détails de l'évènement
Fouille de données et analyses NGS avec le langage R
OBJECTIFS
- Savoir manipuler et visualiser de grands ensembles de données biologiques
- Analyser et aligner des séquences venant de reads NGS
- Déterminer les ARNs messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-Seq
- Enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances
PUBLICS
- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques
PRÉREQUIS
Avoir des bases d'utilisation de lignes de commande
PROGRAMME
Cette formation introduira le langage R, les techniques de fouille et de visualisation de données, ainsi que les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.
- Le langage R et ses commandes essentielles
- Les formats de fichiers, la lecture et l'écriture de données tabulées
- Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants biologiques (biomart)
- Les outils de visualisation de données
- Brève introduction aux techniques NGS
- L'alignement de séquences NGS
- L'analyse d'expression différentielle (paquetage edgeR)
- Les techniques d'enrichissement (DAVID, GO, SPIA)
Dernière demi-journée consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires
Alternance de courtes présentations (20 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (80 % du temps).
EQUIPEMENT
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
INTERVENANTS
H. Soueidan (chercheur) et A. Barré (ingénieur)
Responsable
- Nom : Benjamin Dartigues