Détails de la réservation
- Le : 23 June 2017
- De : 8 h 00
- à : 20 h 00
- Salle : Salle de conférence
Détails de l'évènement
IIIème Animation Wetlab et Bioinfo
Programme :
9h00-9h30 Perspectives France Génomique, Pierre Le Ber
9h30-9h45 Coordination, animation et communication, Marie-Thérèse Bihoreau et Mathilde Clément
9h45-10h30 Retour d’atelier
9h45 Single Cell
10h00 Epigénétique
10h15 Métagénomique
10h30-11h00 Pause café
11h00-13h00 Session Long Read Partie I : MinIon, Oxford Napopore
11h From the DNA preparation to the assembly, trying to get the best of the MinION, Catherine, Zanchetta et Maxime Manno, Get-PlaGe.
11h15 Utilisation de la technologie Nanopore en génomique écologique : exemples d’une bactérie phytopathogène et d’Arabidopsis thaliana. Baptiste Mayjonade, GeT-PlaGe.
11h30 Bilan des tests des protocoles RNASeq sur le MinION, Ammara Mohammad, IBENS.
11h45 Mise en place d'un pipeline d'analyse RNA-Seq pour des données MinION, Laurent Jourdren et Sophie Lemoine, IBENS.
12h Premiers retours d’expérience sur le séquençage ONT sur MinION, Erwan Guichoux, PGTB.
12h15 La technologie Oxford Nanopore au Génoscope, Corinne Cruaud et Karine Labadie, Genoscope
12h30 Extractions ADN pour Nanopore et cartes optiques : retour d'expériences sur Brassica, Cyril Falentin, INRA- Génoscope
12h45 De novo sequencing and assembly using Oxford Nanopore long reads, Jean Marc Aury, Gésnocope.
13h00-14h00 Pause déjeuner
14h00-15h00 Session Long Read Partie II : Sequel, Pacific Biosciences
14h Retour sur les premiers résultats PacBio Sequel sur la plateforme Gentyane, Charles Poncet, Gentyane.
14h15 Isoseq sur Sequel : les premiers résultats, Juliana Pipoli da Fonseca, Institut Curie
14h30 Sequel - Premiers résultats chimie v2.0 - Séquençage ADNg microbiens Christiane Bouchier, Institut Pasteur
14h45 Caractérisation des données «long reads» PacBio dans le cadre de l'étude d'un génome bactérien riche en régions répétées, Melissa Cardon, Institut Pasteur.
15h00-16h00 Session Long Read Partie III : Chromium, 10x Genomics
15h00 Whole Genome Sequencing de 10X Genomics: les premiers tests, Pauline Heuillard, Get-Plage.
15h15-15h45 Discussion générale Long Read, animateur Charles Poncet 15h45-16h00 Conclusion/ fin de l’animation
Responsable
- Nom : Alexis Groppi