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Séquençage Long Reads : le GridION X5 arrive à la Plateforme Génome –Transcriptome de Bordeaux

22 November 2017

Séquençage Long Reads : le GridION X5 arrive à la Plateforme Génome –Transcriptome de BordeauxLa technologie Oxford Nanopore à haut-débit sera disponible sur la Plateforme Génome –Transcriptome de Bordeaux (PGTB) dans les prochaines semaines. Le GridiON X5 permettra à tous nos utilisateurs d’obtenir des données Long Reads à moindre coût.


En outre, la PGTB sera certifiée et accréditée comme fournisseur officiel de services par le constructeur Oxford Nanopore.


Depuis quelques années, la technologie d’Oxford Nanopore, basée sur le séquençage des acides nucléiques par passage de molécules uniques à travers des nanopores protéiques, est en phase exponentielle de développements et d’applications. Un grand nombre de publications atteste déjà de la révolution qu’apporte cette technologie dans de nombreux domaines du séquençage comme le séquençage de novo, la métagénomique, l’épigénétique ou le séquençage direct d’ARN.


Le personnel de la PGTB s’est déjà formé à cette technologie grâce au premier séquenceur « de poche », le MinION. L’arrivée du GridION permettra une plus grande rapidité de séquençage, un plus haut débit pour un coût plus faible (moins de 1000€ par run de séquençage et par Flow cell). Afin d’optimiser le contrôle des ADN et ARN de grandes longueurs ainsi que la construction des librairies, la PGTB s’est également dotée de plusieurs équipements périphériques (Tapestation, Megaruptor et Blue pippin).


Pour un run de séquençage de novo utilisant les 5 flow cells du GridION X 5, et en fonction du type de préparation de librairie, les tests préliminaires suggèrent des débits de sortie d’environ 3 M de lectures de 10Kb et environ 30Gb. Vous êtes intéressé pour tester cette technologie ? Contactez-nous !