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La Plateforme Métabolome a développé un logiciel de retraitement des spectres RMN 1D 1H et 13C pour les profils métabolomiques.

15 March 2017

Pour la métabolomique basée sur des profils issus d’analyses en spectrométrie RMN, le retraitement des spectres 1D nécessite souvent un œil expert en raison notamment des recouvrements partiels de pics et de certains déplacements incontrôlés de résonances au sein d’un jeu de spectres RMN. L'objectif de NMRProcFlow est d'aider l'expert dans cette tâche de la meilleure façon possible sans avoir besoin de compétences en programmation.

NMRProcFlow a été développé pour être un outil de retraitement des spectres RMN 1D (1H et 13C) graphique et interactif. NMRProcFlow (http://nmrprocflow.org) est dédié aux empreintes métaboliques et à la métabolomique ciblée. Il couvre toutes les étapes de traitement des spectres, la correction de la ligne de base, la calibration de l’échelle des déplacements chimiques, l'alignement des résonances, la réduction des données (bucketing) et la préparation des données de quantification (aires des résonances d’intérêt) à exporter. La transformée de Fourier et le phasage des spectres issus des spectromètres Bruker et Agilent/Varian sont pris en charge. NMRProcFlow permet de sauvegarder et exporter les fichiers de traitement (ligne de base, alignement, bucketing) pour rejouer ces traitements sur un jeu de spectres RMN similaires (i.e. protocoles de préparation de l’échantillon et conditions d’acquisition RMN identiques). Les biologistes et les spectroscopistes RMN peuvent interagir facilement et développer des synergies en visualisant les spectres RMN avec le niveau du facteur expérimental d’intérêt.

Workflow de l’outil logiciel NMRProcFlow pour le retraitement des spectres RMN 1D à l’aide d’une interface interactive basée sur la visualisation des spectres
Workflow de l’outil logiciel NMRProcFlow pour le retraitement des spectres RMN 1D à l’aide d’une interface interactive basée sur la visualisation des spectres

 

L’outil est utilisable en ligne ou téléchargeable (version PC ou Linux).

 

Référence bibliographique

Jacob D, Deborde C, Lefebvre M, Maucourt M, Moing A (2017) NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics. Metabolomics 13: 36. DOI 10.1007/s11306-017-1178-y