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Augmentation des capacités du serveur Galaxy au CBiB

22 November 2017

Le workflow Galaxy fournit un ensemble d’outils pour la manipulation et l’analyse de données génomiques. Il est très intuitif dans l’utilisation ce qui en fait un outil de choix pour le biologiste. En effet, Galaxy est une plate-forme qui propose une « constellation » d’outils pour analyser, manipuler et visualiser des données génomiques, sans avoir besoin de connaissance en programmation. Ainsi, l’utilisateur peut construire un enchainement de traitements (« pipeline ») de façon graphique en mode glisser-déposer.
Cet environnement de travail est développé par The Center for Comparative Genomics and Bioinformatics de l’Université de Pennsylvanie. L’utilisateur peut réaliser quatre grands types d’opérations :

  1. manipulation de fichiers : ajout ou suppression de colonnes, trier les fichiers, concaténer plusieurs fichiers, comparaison de listes, …
  2. opérations sur les données : sommer, moyenner, soustraire, calculer la couverture d’une région déterminée, …
  3. analyse de séquences : calculer des corrélations, utiliser des outils d’EMBOSS, aligner les données de séquençage, …
  4. Analyse de données NGS : Analyse qualité, mapping de reads, RNA-seq,…
  1. visualisation des données : afficher des alignements multiples, générer des graphiques, …

 

Le portail Galaxy maintenu par le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) vient d’être mis à jour et a vu ses capacités de calcul et de stockage augmentés afin de mieux répondre aux besoins des utilisateurs
L’accès aux outils de base en bioinformatique tels que ceux de la suite EMBOSS est désormais possible via cet environnement.
L’autre avantage de Galaxy est que des logiciels développés à façon peuvent également être installés dans cet environnement par l’équipe du CBiB. Ils peuvent ensuite être rendus accessibles à la communauté ou, si nécessaire, mis en accès privé pour des utilisateurs identifiés.

Galaxy est directement  accessible à l’URL suivante http://services.cbib.u-bordeaux.fr/galaxy/.

 

Augmentation des capacités du serveur Galaxy au CBiB