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Pipeline ProteomX pour l’analyse des données de protéomique

18 June 2018

L'étude des données d’expression protéique notamment les données de quantification relative en protéomique label-free obtenues par spectrométrie de masse haut-débit s'est largement répandue et démocratisée au sein de la communauté scientifique et ce notamment grâce à l’essor de cette discipline depuis ces dernières années. Ce type de données permet aujourd’hui un accès à une cartographie plus précise des processus biologiques engagés au sein d’une cellule, d’un type cellulaire, d’un organisme ou d’une population.

Afin de répondre à la nécessité de traiter ces données, en amont, en sortie du spectromètre de masse et en aval, jusqu'à l’analyse comparative associée à des statistiques et la visualisation des résultats dans des études de type catalogues ou comparatives, le Centre de Bioinformatique a mis en place le pipeline ProteomX. Cet outil permet le traitement initial des données d’abondances protéiques brutes en sortie du spectromètre de masse, l’analyse et le filtrage qualité de ces données, ainsi qu’une large palette d’analyses de statistiques et des annotations permettant l’extraction de connaissances et l’interprétation de résultats.

Entre autres, ce pipeline permet de comparer l’expression protéique entre différentes conditions, de rechercher d’éventuels biomarqueurs associés à une pathologie, une condition, un traitement ou même un type cellulaire. Il permet également de classifier les données en fonction de leur protéome exprimé et de procéder à la recherche de processus biologiques spécifiquement enrichis dans tels ou tels jeux de données.

Exemples de résultats produits par le pipeline ProteomX
Exemples de résultats produits par le pipeline ProteomX