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Le premier semestre 2018 a été très riche en événements pour le PGTB

19 June 2018

Pascal Sirand-Pugnet (Université de Bordeaux) et Patricia Fergelot (CHU Bordeaux), qui avaient pris leur fonction en décembre 2012, ont passé le relais de la direction scientifique à Christophe Plomion (INRA) et Laurence Delhaes (CHU et Université de Bordeaux) au 1er mars 2018. Par ailleurs, Adline Delcamp, responsable en autre de la démarche qualité de la PGTB, a été recrutée au 1er février en CDI par l’Université de Bordeaux.

Concernant les développements technologiques, la PGTB s’est investie depuis plus d’un an dans le séquençage long-reads sur MinION (Oxford Nanopore Technologies). Divers projets de séquençage de génomes, de reséquençage ciblé, ou d’étude du microbiote ont été récemment réalisés sur des modèles biologiques variés : Homme, bactéries, champignons, phages, insectes, plantes… Depuis Janvier 2018, la PGTB est labellisée "ONT Certified Service Provider", lui permettant de réaliser des prestations de séquençage d'ARN et d'ADN sur GridION. Il est possible d’obtenir des reads de 1 à 50Kb, voire d’ultra-long reads (centaines de Kb) ; à titre indicatif le plus long read mappé répertorié est actuellement de 2,3Mb. Classiquement, par exemple un séquençage sur GridION (~500.000 reads de ~10kb) pour un échantillon d’ADN génomique coûte aujourd’hui moins de 800 €.

Séquençage GridION d’ARN ribosomique 16S complet permettant l’identification en temps réel, après quelques minutes de séquençage, des genres présents dans un standard de communautés microbiennes
Séquençage GridION d’ARN ribosomique 16S complet permettant l’identification en temps réel, après quelques minutes de séquençage, des genres présents dans un standard de communautés microbiennes

 

Bilan 2017

En 2017, la PGTB a réalisé 52 projets de recherche pour un budget total de 505.000€, soit 40% d’augmentation par rapport à 2016. Ces projets impliquaient l’Université de Bordeaux, l’INRA, l’IRSTEA, le CNRS, l’INSERM, l’IFREMER, mais également des établissements de recherche internationaux et d‘industriels. Le nombre d’analyses a progressé de 53% en 2017 et les perspectives pour l’année 2018 confirment cette tendance. Cette dynamique est notamment liée à l’arrivée en 2017 du séquenceur long-reads GridION d’Oxford Nanopore Technologies et de la Droplet Digital PCR QX200 de Bio-Rad.

Comme chaque année la PGTB réalise une enquête de satisfaction. Pour 2017, les utilisateurs ont attribué une note de satisfaction globale de 8,7/10 et recommanderaient tous la PGTB à leur collègue. La PGTB remercie tous ses utilisateurs pour leur participation et leur confiance.

Si vous souhaitez suivre les actualités de la PGTB, rendez-vous sur @PGT_Bordeaux ou sur notre site internet pgtb.cgfb.u-bordeaux.fr.