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L’équipe du Centre de Bioinformatique s’agrandit

18 June 2018

L’année 2018 sera marquée au CBiB, entre autres événements, par la pérennisation (CDI) du poste d’ingénieur d’étude au sein de la plateforme. Il s’agit de Benjamin Dartigues, membre de l’équipe depuis début 2013. Diplômé du Master de Bioinformatique de Bordeaux, ce jeune ingénieur aime être à la frontière entre sciences de la vie et informatique où il peut échanger ses points de vue avec les deux mondes.  Il aime également être immergé dans un domaine de recherche spécialisé car cela lui permet de bien mieux se familiariser avec les sujets de recherche.

Benjamin Dartigues Benjamin Dartigues a des compétences solides et véritablement interdisciplinaires qu’il sait mettre ses compétences au service de la communauté scientifique du site. Ainsi, depuis son arrivée au CBiB en 2013, il a contribué à de nombreux projets dans le domaine végétal, médical, de l’imagerie tel que :

COSMOS - XEML-Lab un système dédié à la mise en place du design expérimental pour des expériences de cultures de plantes et à la capture des métadonnées associées à l’expérience. Il permet de standardiser la description des expériences notamment grâce à l’utilisation d’ontologies et ainsi de permettre une meilleure reproductibilité et un meilleur suivi des expériences.

COBRA une base de données intégrative de données « omiques » dédiées aux interactions entre plantes et virus. Cette base a servi à révéler de nouveaux gènes de susceptibilité (S-Gene) impliqués dans le processus infectieux de certaines plantes cultivées (Tomate, melon, abricot, pêche) en intégrant des données de protéomique, d’intéractomique, de génomique, de transcriptomique.

DypFISH une librairie Python dédiée au traitement de données issues d’imagerie de microscopie confocale. Ce projet a pour objectif d’étudier les relations de localisation spatio-temporelles entre mRNA et protéines au sein de cellules « micropatternées ».

Sites d’intégration HIV : Cette étude a mis en relation diverses caractéristiques génomiques (site promoteur, site du gène, histones méthylés, etc..) avec les zones d'intégration de virus présentant différentes mutations.

Benjamin Dartigues aura pour objectif d’intervenir au service de plates-formes productrices de données biologiques à haut débit (Protéome, Métabolome, BIC (Imagerie), Biophysicochimie Structurale, ...). La particularité de son poste est ce positionnement transverse qui assurera au Centre de Bioinformatique d’une part un ancrage fort et pérenne dans les communautés productrices de données et permettra sur le plan méthodologique de dégager les rapprochements en termes de calculs et d’analyses, dépassant la forte hétérogénéité applicative. Son positionnement scientifique sera axé sur les projets principalement émanant de la communauté BIE.

Une des premières réalisations de Benjamin Dartigues est le Pipeline ProteomX pour l’analyse des données de protéomique